서울신분은 아파트 초고층화 문제많다는 사설을 통해 그간의 고밀도 재건축 불가원칙 위배와 교통난 및 자연경관 훼손등 여러가지 문제를 안고 있다며 이 용적률은 초고층 아파트가 들어선 분당신도시 아파트 용적률이나 고층아파트 군이 있는 서울 강남의 압구정동과 대치동보다 80%포인트 이상 높은 것으로 도저히 납득 할 수 없다고 비판했다.
더불어 이들 지역에 대한 투기 조짐까지 일자 서울시는 구청직원들을 현장에 투입하여 투기혐의자를 찾아내 국세청에 세무조사를 의뢰하겠다고 밝히는 한편 재건축 기간과 물량등의 계획을 보완하여 3일만에 수정안을 내놓았다
같은 달 강남구는 15년 밖에 안된 10층짜리 고층아파트를 25층 초고층으로 재건축 할 수 잇도록 허용했다. 이를 두고 언론은 강남구가 건물 안전에 지장이 없다며 재건축 조합 인가를 보류했다가 1년만에 번복한 경위에 의혹을 제기했다. 특히 재건축시장의 묻지만 투자열풍은 집값상승의 주범으로 인식되었다.
2003년 11월 시사프로그램에서는 2002년 9월 잠실 주공2,3단지 총 7730채의 등기부등본을 떼어 분석한 결과 실제 거주자는 13.9%에 불과하다고 밝혔다. 특히 비거주 소유자 중59%가 강남권 거주자인것으로 나타났다. 강남에 살명서 재건축 아파트를 또 소유하고 있는 셈이다.
2005년 5월에는 경실련이 강남지역 5개 재건축 아파트 단지에서 생길 총 개발이익이 6초 5000억에 달한다는 주장을 제기했다. 경실련은 단지당 1조원 이상의 개발이익이 발생해 한가구당 3억400만원 평당 2200만원의 개발이익이 생기며 이 개발이익은 아파트소유자와 시공사 등 사업주체에게 고스란히 돌아갔다고 말했다 재건축을 둘러싼 각종비리 사건이 주기적으로 터져 나오면서 재건축은 일종의 복마전처럼 인식되기도 했다. 2003년 7월 검찰은 아파트 재건축을 추진하면서 20억원대의 금품을 상납받은 재건축조합간부와 인허가 청탁과 함께 뒷돈을 뜯어낸 은행원등 10명을 무더기로 적발했다고 발표했다.
서울지검 형사4부는 21일 경기도 안양시 비산동 아파트 재건축 사업 비리에 대한 수사 결과를 발표, 하도급업체 등으로부터 2억원대의 금품을 받은 혐의로 재개발조합 조합장 홍모(50)씨와 상가 분양을 미끼로 투자자들로부터 3억원대의 돈을 받은 혐의로 총무이사 전씨를 구속기소했다고 밝혔다. 홍씨에게 돈을 건넨 D감리회사 사장 도모(54)씨와 H건설 대표 남모(48)씨는 불구속 기소됐다. 검찰은 또 재개발 공사 인·허가 관련 청탁과 함께 1500만원을 받은 혐의로 경기도 제2청사 지역개발국 과장 강모(54·서기관)씨를 구속했다.
검찰에 따르면 재건축조합장 홍씨는 작년 4월 재건축 감리 편의 제공 명목으로 감리회사 사장 도씨로부터 7000만원을 받는 등 하도급업체 선정 및 공사 시공권과 관련한 청탁과 함께 업자들로부터 1억6600만원 상당의 금품과 향응을 제공받은 혐의다.
재건축이 초기에 주택공급이라는 순기능을 했음에도 불고하고 복마전처럼 되어버린데는 건설사가 챌긴 수익을 조합비용으로 전가시키고 이를 주택가격에 반영하는 것이 가능했기 때문이다. 재건축 시공사들이 조합과의 본 계약 이후 갖가지 명목으로 수십억 수백억원의 추가정산금을 요구하고 조합이 이를 거부하면 공사자체를 중단하겠다고 나오기 때문에 추가부담을 피해갈 도리가 없었다.
대형 건설사들이 재건축 사업의 이권을 놓고 흑탕물 싸움을 펼치기도 했다. 200년 7월 공정거래 위원회가 개포 주공 1단지 재건축 사업 수주를 위해 경쟁을 벌이면서 상대업체에 불리한 거짓광고를 여거 회사에 대해 광고금지와 법위반 사실을 신문에 냈다.
10여년간 지속된 재건축 완화의 흐름이 규제 강화라는 긴 파동을 타기 시작한것은 200년 들어 부동산 값이들썩이기 시작하면서 부터 이다. 2001년 상반기 서울의 아파트 가격이 7.74%오르면서 부동산 시장이 심상치 않은 조짐을 보였는데, 같은 시기 재건축 아파트의 상승률은 그보다 3배가량인 21%에 이르렀다. 그러자 7월 말 건교부는 소형주택건 설의무제를 부활하겠다고 발표한다.이어 8월 말에는 서울시가 고밀도 지구의 재건축 용적률을 250%이하로 제한하는 내용의 조치를 확정한다. 그러나 주춤했던 재건축 시장은 반년이 채 못 가 다시 급등세를 보였다.
2001년 말 반포 주공 3단지의 시공사가 선정되자 16평형 아파트시세가 불과 한달만에 1억3000만원이나 뛰었다. 기본계획도 나오지 않고 안전진단도 통과하지 않은 상태였다. 강남 재건축 시장은 상식과 분석이 통하지 않는 곳이라 불리기 시작했다.
해를 넘겨서도 재건축 아파트의 집값 상승 주도는 여전햇다. 2002년 상반기 재건축 아파트의 가격 상승률은 서울 지역 일반 아파트에 비해 1.5배 가량 높았다. 한 부도산 정보제공업체가 재건축 조합추진위가 결성된 서울 137개 단지 시세를 조사한 바에 따르면 2001년 말 평단 1347만원에서 이듬해 8월초 1695만원으로 평균 25.8%상승했다. 재건축 아파트를 제외한 다른 아파트들의 평균 상승률은 17.9%였다. 2002년 8월 정부는 잇따라 재건축 사업을 규제하는 방안을 내놓았다.
2002년 8월 정부는 잇따라 재건축 사업을 규제하는 방안을 내놓았다. 건교부는 실제 사업기간이나 개발이익에 고나계없이 일단 시공사만 선정하면 집값이 올랐던게 현실 이라며 재건축을 추진하는 주민들이 사업계획 승인을 받은 뒤에만 시공사를 선정할 수 있도록 하겠다고 발표했다.